Para cumplir con su tarea el Consejo cuenta con la Junta de Gobierno, que está conformada por:
3 Invitados permanentes que tienen voz pero sin voto
De acuerdo al artículo 58 de la Ley General para la Inclusión de las Personas con Discapacidad, la Junta de Gobierno tiene, entre otras, las siguientes atribuciones:
I. Aprobar el Estatuto Orgánico del Consejo, con base en la propuesta que presente el Director General del Consejo;
II. Establecer las políticas generales para la conducción del Consejo con apego a esta Ley,
III. Estatuto Orgánico, al Programa y a los demás ordenamientos que regulen su funcionamiento;
IV. Aprobar los planes de labores, presupuestos, informes de actividades y estados financieros anuales;
V. Aprobar el Estatuto Orgánico, la Organización General del Consejo y los Manuales de procedimientos;
VI. Nombrar y remover, a propuesta del Director General del Consejo a los servidores públicos de éste que ocupen cargos en las dos jerarquías administrativas inferiores a la de aquél;
VII. Expedir y publicar el informe anual de la Junta, y
VIII. Las demás que le confieran éste y otros ordenamientos aplicables.